鲸鲨是滤食性动物，主要摄食磷虾等浮游动物以及小型鱼类。

       不过，最近澳大利亚海洋科学研究所发表在《生态学》杂志上的研究表明，鲸鲨也能以海洋植物为食，这意味着这种体长近20米的著名物种，将成为世界上最大的杂食动物。 研究人员收集了珊瑚礁潜在食物来源的样本，大小从小型浮游生物到巨型海藻不等，以便准确确定鲸鲨正在吃什么。然后他们将鲸鲨中的氨基酸和脂肪酸与浮游生物和植物材料中的氨基酸和脂肪酸进行了比较。 在分析样本时发现，鲸鲨组织中含有马尾藻中才存在的物质。

       论文作者马克·米肯博士表示：“在陆地环境中，最大的动物一直都是食草动物。在海里，我们一直认为已经变得非常大的动物，如鲸鱼和鲸鲨，正在以类似虾类的动物和小鱼为食。事实证明，陆地和水中的进化系统可能并没有那么不同”。